В состав района входят 14 сельских поселений, объединяющих 21 населённый пункт:

1. Сельское поселение "Алтанское" — с. Алтан
2. Сельское поселение "Билютуйское" — с. Билютуй, с. Былыра
3. Сельское поселение "Верхне-Ульхунское"— с. Верхний Ульхун, с. Тырин
4. Сельское поселение "Гаваньское"— с. Гавань
5. Сельское поселение "Кыринское"— с. Кыра
6. Сельское поселение "Любавинское"— с. Любовь
7. Сельское поселение "Мангутское"— с. Мангут
8. Сельское поселение "Михайло-Павловское"— с. Михайло-Павловск, с. Турген
9. Сельское поселение "Мордойское"— с. Мордой
10. сельское поселение "Надёжнинское"— с. Надёжный, с. Устье
11. Сельское поселение "Тарбальджейское"— с.Тарбальджей, с.Верхний Стан, с. Нижний Стан
12. Сельское поселение "Хапчерангинское"— с. Хапчеранга
13. Сельское поселение "Ульхун-Партионское"— с. Ульхун-Партия
14. Сельское поселение "Шумундинское"— с. Шумунда, с. Букукун